การผลิตน้ำนมและผลิตภัณฑ์จากนมของไทยนั้น จากการวิจัยพบว่าชนิดอันตรายสำคัญที่ก่อให้เกิดความเสี่ยงต่อผู้บริโภค คือ อันตรายจากการตกค้างของสารปฏิชีวนะ ออกซีเตตราซัยคลิน ในน้ำนมดิบ โดยมีจุดเสี่ยงที่พบคือ ขั้นตอนการรีดน้ำนมจากแม่โคที่ยังอยู่ในระยะรักษาโรค และอันตรายจากการปนเปื้อนของสารพิษจากเชื้อรา อะฟลาทอกซิน M1 ในน้ำนมดิบซึ่งเป็นผลจากการเลี้ยงโคนมด้วยอาหารปนเปื้อนเชื้อรา นอกจากนั้น ยังพบอันตรายจากเชื้อ E. coli ในน้ำนมดิบ น้ำนมพาสเจอไรส์ โดยจุดเสี่ยงที่พบคือ จุดการรีดน้ำนม การผลิตและการปนเปื้อนภายหลังการผลิต