สถาบันอาหาร เป็นสถาบันหนึ่งภายใต้อุตสาหกรรมพัฒนามูลนิธิ จัดตั้งขึ้นโดยมติคณะรัฐมนตรี
เมื่อวันที่ 15 ตุลาคม 2539 และวันที่ 12 พฤศจิกายน 2539 และคำสั่งกระทรวงอุตสาหกรรมที่ 440/2539 ลงวันที่ 28 พฤศจิกายน 2539
เพื่อดำเนินงานส่งเสริมและพัฒนาอุตสาหกรรมอาหารของประเทศไทยให้เติบโตอย่างมีประสิทธิภาพและสามารถแข่งขันได้ในระดับโลก
โดยมีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
1. สนับสนุนหรือจัดให้มีบริการด้านการตรวจการวิเคราะห์การทดสอบและการรับรองคุณภาพผลิตภัณฑ์อาหาร
2. ให้คำปรึกษาและแนะนำทางวิชาการด้านอุตสาหกรรมอาหารแก่ผู้ประกอบการอุตสาหกรรมอาหาร
3. ส่งเสริมและจัดให้มีการวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีอุตสาหกรรมอาหารทั้งในด้านการผลิตการพัฒนารูปแบบ การปรับปรุงมาตรฐานและคุณภาพ
4. จัดให้มีการฝึกอบรมและสัมมนาทางวิชาการเพื่อพัฒนาบุคลากรอุตสาหกรรมอาหารทั้งในระดับแรงงาน ช่างเทคนิค และระดับบริหาร
5. สนับสนุนหรือจัดให้มีกิจกรรมส่งเสริมการตลาดทั้งภายในประเทศและต่างประเทศ
6. สำรวจรวบรวมและติดตามข้อมูลข่าวสารเกี่ยวกับอุตสาหกรรมอาหาร และเผยแพร่ข้อมูลข่าวสารดังกล่าว รวมถึงการพัฒนาระบบข้อมูลข่าวสารอุตสาหกรรมอาหาร
7. ศึกษาวิจัยธุรกิจอุตสาหกรรมอาหาร ตลอดจนวิเคราะห์ปัญหาที่มีผลกระทบต่ออุตสาหกรรมอาหาร และเสนอแนะแนวทางแก้ไขปัญหาต่อรัฐบาล
8. ประสานงานด้านการส่งเสริมและพัฒนาอุตสาหกรรมอาหารระหว่างรัฐกับเอกชน และเอกชนกับเอกชน ทั้งในประเทศและต่างประเทศ
9. การร่วมทุนกับภาคเอกชนซึ่งผลิตหรือดำเนินกิจการเกี่ยวกับผลิตภัณฑ์อาหารเพื่อส่งเสริม ช่วยเหลือ สนับสนุน รวมทั้งการรักษาเสถียรภาพด้านปริมาณและราคาของผลผลิตหรือผลิตภัณฑ์อาหาร
10. ดำเนินงานให้เกิดความเชื่อมโยงกับงานวิจัยและพัฒนาทางด้านอุตสาหกรรมอาหารของสถาบันการศึกษาทั้งภาครัฐ และเอกชน เพื่อให้มีการนำผลงานการศึกษามาปรับใช้ให้เกิดประโยชน์ในเชิงพาณิชย์
ทั้งนี้ กระทรวงอุตสาหกรรม เพิ่มหน้าที่ความรับผิดชอบของสถาบันอาหาร ข้อ (10) ตามคำสั่งกระทรวงอุตสาหกรรมที่ 4/2545 ลงวันที่ 5 มกราคม 2545 ตลอดระยะเวลา 27 ปีที่ผ่านมา สถาบันอาหารดำเนินการตามกรอบหน้าที่ความรับผิดชอบข้างต้นมาตลอด (ยกเว้น หน้าที่ความรับผิดชอบ ตามคำสั่งกระทรวงอุตสาหกรรมที่ 4/2545 ที่ยังไม่ได้ดำเนินการ) ซึ่งสามารถแบ่งช่วงเวลาของการพัฒนาการของสถาบันอาหารออกเป็น 2 ช่วง คือ
1. ช่วงก่อตั้งสถาบัน ปี พ.ศ. 2540 - 2544 สถาบันอาหารได้รับงบประมาณอุดหนุนรวมระยะเวลา 5 ปี แบ่งจ่ายปีละ 50 ล้านบาท
2. ตั้งแต่ปี 2545 จนถึงปัจจุบัน สถาบันอาหารต้องดำเนินงานเพื่อสร้างรายได้จากบริการหลักของสถาบันอาหาร โดยให้บริการ
งานที่ปรึกษาระบบมาตรฐาน การผลิตต่างๆ เช่น GMP,HACCP, ISO 22000, BRC, ISO/IEC 17025, Halal งานบริการ
ตรวจวิเคราะห์ห้องปฎิบัติการ งานบริการตรวจสอบคุณภาพสินค้า งานบริการสอบเทียบเครื่องมืองานบริการทดสอบความชำนาญ
งานบริการข้อมูลและงานวิจัยนโยบาย การสนับสนุนการพัฒนาผลิตภัณฑ์อาหารใหม่และ พัฒนาต่อยอดผลิตภัณฑ์เดิม
งานฝึกอบรมและพัฒนาบุคลากรในอุตสาหกรรมอาหาร เป็นต้น และเงินอุดหนุนเฉพาะกิจจากโครงการสำคัญ (Flagship Projects)
ตามนโยบายของรัฐบาล