ปัจจุบัน สถาบันอาหารเปิดให้บริการใน3 ส่วนหลัก ได้แก่ บริการวิจัยและบริการข้อมูล ประกอบด้วย แผนกวิจัยนโยบาย ดำเนินการศึกษาวิจัยเชิงนโยบาย เพื่อสนับสนุนการพัฒนาอุตสาหกรรมอาหารของประเทศตามกรอบและแนวนโยบายของรัฐ ตลอดจนผลิตงานวิจัยและงาน ด้านวิชาการ เพื่อเป็นแหล่งข้อมูลอ้างอิงให้กับภาคอุตสาหกรรมของประเทศ แผนกวิจัยผลิตภัณฑ์อาหาร ซึ่งมีหน้าที่ส่งเสริมและสนับสนุนการวิจัยเพื่อให้เกิดผลิตภัณฑ์อาหารในรูปแบบเพิ่มมูลค่าให้กับสินค้าเกษตรและอาหารที่ตรงกับความต้องการในตลาดโลก และแผนกวิเคราะห์ข้อมูล ที่ทำหน้าที่รวบรวม วิเคราะห์ สังเคราะห์ และเผยแพร่ข้อมูลเชิงลึกที่ทันสมัยและเป็นประโยชน์สำหรับงานภาครัฐและเอกชน เพื่อนำข้อมูลไปใช้ประโยชน์ในด้านต่างๆ อาทิ การเจรจาทางการค้า การจัดทำมาตรฐานการตัดสินใจในเชิงทางการค้า เพื่อเพิ่มศักยภาพในการแข่งขัน เป็นต้น บริการห้องปฏิบัติการ ประกอบด้วย 4 บริการหลัก คือ ทอสอบทางเคมี ทดสอบจุลชีววิทยา บริการสอบเทียบและบริการทดสอบความชำนาญ ทั้งนี้ เพื่อให้แน่ใจว่าผลิตภัณฑ์อาหารที่ออกสู่ตลาดนั้นได้คุณภาพ ปลอดภัย และปราศจากสารปนเปื้อนและสารตกค้างต่างๆ สนับสนุนและให้ความร่วมมือแก่ห้องปฏิบัติการทางวิทยาศาสตร์ทั้งของรัฐและเอกชนในการเพิ่ขีดความสามารถการทดสอบผลิตภัณฑ์อาหาร ตลอดจนให้คำแนะนำและช่วยเหลือทางด้านเทคนิคเพื่อยืนยันผล กรณีเปิดปัญหาการกักกันสินค้าอาหารไทยจากต่างประเทศบริการวิชาการ ซึ่งประกอบด้วย บริการด้านการให้คำปรึกษาระบบคุณภาพที่ได้รับการยอมรับในระดับสากล อาทิ GMP, HACCP, ISO 9000, ISO/IEC 17025 และ Clean Technology เป็นต้น บริการฝึกอบรมโดยผู้เชี่ยวชาญแต่ละสาขา ในหลักสูตรที่สอดคล้องกับความต้องการของภาครัฐและเอกชน (Public Training) และตามความต้องการของแต่ละองค์กร (In-House Training) และบริการวิศวกรรมอาหารที่ให้คำปรึกษาด้านเทคนิค อาทิ บริการทอสอบการกระจายความร้อนของหม้อฆ่าเชื้อ และบริการทดสอบหาค่าอัตราการแทรก
